TLC法是檢測黃曲霉素最為經典的方法，也是以前最為常用的方法，至今仍為一些檢測機構所用，也是一種國標方法。其原理是針對不同的試樣，用適宜的萃取溶劑將黃曲霉素從試樣中萃取出來，經柱層析凈化后，再在薄板上展開后分離。

利用黃曲霉素的熒光特性，根據熒光斑點的強弱與標準比較確定其含量，對于一些組分很復雜的試樣要雙向展開，才能獲得較高的靈敏度。

TLC法設備簡單，檢測費用低，但操作繁瑣、費時，萃取和凈化效果不理想，靈敏度差，對操作人員的身體健康存在較大程度的危害。

2、液相色譜法(HPLC)

HPLC法是近年來發展起來的一種檢測方法。其原理是在高效液相色譜儀上添加柱后衍生系統分離，再用熒光檢測器測定。與其配套的柱后衍生系統有碘衍生化法、溴衍生化法及較為先進的電化學衍生化法和光化學衍生化法。當前，該方法大多用免疫親和柱來凈化、分離，其凈化效果優異。

該法能準確地分離不同種類的黃曲霉素(例如：AFB1、AFB2、AFG1和AFM1等)，檢測速度快且定性與定量準確，檢測限低，可作為仲裁法使用，但儀器設備價格昂貴，前處理方法相對繁瑣，若用到免疫親和柱則會使試樣檢測費用增加，對操作人員的身體健康仍存在一定的危害。

3、酶聯免疫法(ELISA)

ELISA法也是近年來研究開發出來的一種較為新穎的方法。其原理是根據抗體和抗原之間特異性的免疫學反應，最后用測定酶活力的方法來增加測定的靈敏度。

該方法檢測速度快、對人體危害小、但重復性差、試劑壽命短、需低溫保存、假陽性概率較高、需要配置專門的酶標儀，且對一些富含鹽和脂肪的試樣需進行額外的處理。
 

4、毛細管電泳法(CE)

毛細管電泳(CE)也是一種新發展起來的分析黃曲霉素的方法。該方法與激光減弱熒光檢測器(LIF)連用可很好地提高靈敏度。

Wei等用毛細管電泳一激光減弱熒光檢測器測定AFB1、AFB2、AFG1和AFG1，取得了較為理想的分離效果，其中對AFB2的測定最為靈敏。但CE法的成本較高，操作復雜，不適宜在試樣檢測中廣泛應用。
 

5、熒光光度法(IAC/SFB)

IA C/SFB法也是一種常用的國標方法。該方法的原理是利用各種黃曲霉素的熒光特性差異用熒光光度計測定試樣中黃曲霉素的含量。

該方法對檢測人員身體健康無危害，檢測速度迅速，靈敏度高，適用于大量試樣檢測，且定量準確，但檢測費用較高，需要配置專用設備，且不能對單一的毒素進行檢測。
 

6、金標試紙法

金標試紙法，實際就是一種固相免疫分析法。其原理是利用抗體與抗原的特異性結合反應，可一步檢測黃曲霉素。

該法可在5～10 min內完成對試樣中黃曲霉素的定性測定，具有簡單、快速的特點，且無須其他儀器設備的配合，既可在實驗室中進行檢測，也可在現場進行實地測定，但是其檢測的準確度、精度有待進一步的研究。
 

7、生物傳感器法

生物傳感器是使用固定化技術將具有分子識別能力的生物活性物質與物理化學換能器結合，可以用來探測生物體內外的環境化學物質或與之起特異性交互作用后產生響應的一種裝置。其中利用分子間特異親和性制備的親和型生物傳感器為免疫傳感器口。

根據能量轉換器所傳導的物理或化學信號的不同，免疫傳感器可分為電化學免疫傳感器、光學免疫傳感器、壓電晶體免疫傳感器等。由于生物傳感器具有選擇性高、響應快、操作簡單、攜帶方便和適合于現場檢測等優點，因此各國科研工作者正積極探索研制新型生物傳感器用于檢測黃曲霉素。